Die Hochwasserschutzkonzeption für die Wipper erstreckt umfasst das 136 Quadratkilometer große Einzugsgebiet bis zur Mündung in die Saale oberhalb von Bernburg.  Auch hier gilt  es  im Oberlauf ein ausreichendes Abflussprofil sicher zu stellen. Die Abflussextreme am Pegel Wippra sind erstaunlich: Im Mai 2008 ist die Wipper mit 12 Zentimeter Wassertiefe und 0,26 m³/s  Wassserführung geradezu ein Rinnsal. Doch beim Hochwasser 1994 schnellte der Pegel auf 2,38 Meter und 80 Kubikmetern rauschten pro Sekunde flussabwärts.

Auch hier gilt es in der Zukunft ufernahe Bebauungen zu vermeiden und die Leistungsfähigkeit der Wipper im Hochwasserfall zu garantieren. Dazu  werden Brücken erweitert , Ufermauern zurückgenommen oder Wehre  geschleift. In der Ebene führt man zusätzliche Deichertüchtigungen durch.