Im Zuge des geplanten Hochwasserschutzes entlang der Querne ist zusätzlich zum notwendigen Bau des grünen Rückhaltebeckens oberhalb von Querfurt auch die Sanierung des Flusslaufes zwingend erforderlich.

Unter Regie des Landesbetriebs für Hochwasserschutz und Wasserwirtschaft Sachsen-Anhalt (LHW) wurde im Stadtbereich von Querfurt die Verbesserung des Hochwasserschutzes in zwei Bauabschnitten durchgeführt. Die Maßnahmen umfassten diverse Rückbauarbeiten (Entfernen von Betonteilen, Geschiebeansammlungen und Gehölzen aus dem Flussbett) sowie die Aufweitung des Flussprofils zur Gewährleistung eines Abfluses von bis zu 8 m³/s mit anschließender Böschungsbefestigung und Uferneugestaltung.

Durch die umfangreichen Maßnahmen bei der Gerinnesanierung hat sich nicht nur die Leistungsfähigkeit der Querne bei Hochwasser erhöht, sondern auch die von der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie ausdrücklich vorschriebene ökologische Durchgängigkeit wurde wieder hergestellt.